A la fin du XIXème siècle, la présence d’un grand nombre de marins sur les bancs de Terre-Neuve conduit à la création d’un Hôpital.

Il s’agit d’un établissement d’hospitalisation militaire, c’est le seul existant sur l’archipel. La première mutation intervient en 1904, année où est décidée la laïcisation du personnel de l’hôpital, suivie en 1905, par la transformation de la structure en hôpital civil.

En 1937, un arrêté local détermine l’organisation et le fonctionnement de l’Hôpital-Hospice-Orphelinat qui subsiste jusqu’à la départementalisation de l’archipel.

En 1976, l’archipel change de statut et devient département d’Outre-mer, le statut de l’hôpital se rapproche alors de l’organisation sanitaire métropolitaine.

En 1985, Saint-Pierre et Miquelon acquiert le statut de Collectivité Territoriale. L’hôpital prend le nom de Centre Hospitalier François Dunan, rendant ainsi hommage à François Dunan, médecin civil, qui, originaire de Métropole, passa sa vie au service des Saint-Pierrais et Miquelonnais.